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氣管鏡檢查在業務熟練的醫生操作下，大概3-5分鐘即可完成檢查。檢查之後患者會產生氣管不適，如刺激性咳嗽、咳痰，若檢查中取組織進行活檢，術後還可出現咳痰帶血等副作用。通過氣管鏡檢查以及取出標本進行化驗，可以明確支氣管內黏膜炎症、結核、腫瘤以及出血部位，辨別良性腫瘤、惡性腫瘤 ，另外，可以進行清除痰液以及細菌培養，但無法明確氣管外病變的性質。
氣管鏡穿刺活檢包括EBUS-TBNA術和TBNA技術。TBNA技術由美國引進，其最大的優點是創傷較小，對於小病灶或淋巴結腫大，無需外科手術，可直接通過針刺病變部位或標本診斷疾病；
氣管鏡檢查類似於胃鏡和腸鏡的檢查，即在一個可以彎曲的設備上安裝攝像頭，通過鼻腔或口腔進入氣管，可觀察氣管內部病變的情況。作為檢查手段，支氣管鏡多用於支氣管鏡患者胸片或CT發現肺部病灶以及長時間無法確定病因的咳嗽患者。同時，支氣管鏡亦可作為治療手段，通過支氣管鏡可 取出誤吸入支氣管的異物，還可清除支氣管內病灶，或用支架支撐塌陷的氣管。
氣管鏡檢查在總體上相對較安全，多沒有明確的後遺症，但可能引發併發症，如部分患者在做完支氣管鏡檢查後，可能出現鼻出血、咳嗽、咳痰、聲音嘶啞等較常見的症狀，部分患者會出現眼睛充血的的症狀。但可以很快消失，多數在1-2天之內可以完全恢復正常，不必過於擔心，無需進 行治療。但使用支氣管鏡進行治療時，可能會對支氣管造成影響。
患者進行氣管插管操作後需將氣管插管內的氣囊注氣，從而保證氣管導管的通氣效果。氣管插管氣囊的壓力範圍一般為25-30mmHg，壓力過高可能壓迫局部氣管黏膜，引起黏膜的局部缺血壞死，從而導致氣管變形，影響呼吸。
氣管插管的深度是指氣管插管的前端距牙槽嵴的距離，一般以氣管插管前端通過聲門後再深入1-2cm為宜。成年男性進行氣管插管的深度約為22-24cm；而成年女性進行氣管插管的深度約為20-22cm。氣管插管的深度過深或過淺均會對患者造成不良的影響。氣管插管插入過深，氣管插管可能達到一側肺葉的支氣管，引起缺氧或肺不張；插入過淺，氣管插管則容易脫管，無法起到通氣的作用。