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支原體和衣原體分別引起不同疾病，肺炎支原體可引起各種呼吸道疾病，如肺炎、氣管炎呼吸道傳染病，而且有傳染性。解脲支原體和人型支原體引起更廣泛泌尿生殖道疾病，如非淋病性尿道炎，引起男性前列腺炎、睪丸炎，女性輸卵管炎，卵巢炎，引起不孕 不育。肺炎衣原體可引起各種呼吸道疾病以及心血管疾病。衣原體中沙眼衣原體可引起各種沙眼和結膜炎、生殖泌尿系疾病。沙原衣原體可引起很多性傳播疾病，尤其在西方國家非淋病性性傳播疾病主要致病源，可引起很多尿道炎、輸尿管、卵巢疾病，引起輸卵管不暢導致不孕不育，導致胎兒畸形。兩種不同致病微生物明確診斷後，可根據不同疾病治療。
左氧氟沙星可以用於治療支原體感染，但在用藥前應確定支原體培養時進行藥敏試驗的結果。因為在常規支原體培養時會進行藥敏試驗，從而確定支原體敏感的抗生素類型，再從這種敏感的藥物中選擇藥物治療支原體。而左氧氟沙星對於支原體通 常較為敏感，所以可以用於治療支原體感染。
支原體感染不治療，可能不會出現不良後果。部分男性患者做精液培養時，經常能夠檢查出支原體感染，但精液質量並未出現任何異常，甚至部分已經孕育生命，如無異常可暫時不予治療。支原體感染屬於常見現象，多數人群支原體可能於體內寄 生，若未造成影響可不進行治療。若存在影響，如導致男性尿道炎影響精液質量，或引起女性陰道感染、盆腔炎等，則需進行相應治療。
支原體與一般的細菌不同，支原體感染為一種自限性疾病，多數患兒可自愈。部分患兒支原體感染後仍咳嗽、發燒，需進行藥物治療，絕大多數患兒7-10天內可治癒，少數患兒病情嚴重，會持續發燒1周，甚至2周，需使用抗支原體藥物，阿 奇黴素或紅黴素等大環內酯類藥物較為有效。
解脲支原體感染的常用治療方式是抗菌素治療，常用抗菌素主要有大環內酯類抗菌素，比如阿奇黴素、羅紅黴素或者紅黴素，其他少見抗菌素，如米諾環素等。上述抗菌素對支原體的感染比較敏感，用藥效果較好。
支原體感染屬於性病範疇，但由於支原體本身種類較多，引起泌尿生殖系統感染的支原體來講種類也較多，常見有生殖支原體、解脲支原體、人型支原體。生殖支原體可以引起泌尿生殖系統炎症，而且屬於性傳播疾病，可以在人與人之間通過密切性行為、性接觸而傳染。
支原體感染與其他病原體感染相同，都存在復發問題，如果治療不徹底，病變還在身體上存在，只是因為用藥暫時被抑制，沒有把病原體完全清除，一旦身體抵抗力下降，或者抑菌的藥物被體內排洩、代謝以後，殘留的支原體可以再度增殖、繁殖，侵犯正常器官組 織，還會繼續引起感染。
尿路支原體感染是性傳播疾病，往往與患者不潔性接觸或接觸到患者感染的內衣褲造成。支原體感染有明顯臨床特徵，除尿頻、尿痛外還會表現為尿道外口劇烈的瘙癢感以及尿道外口有大量稀薄黏液流出。
支原體感染可以治癒，在泌尿外科常見的支原體感染是支原體尿道炎或者診斷為非淋菌性尿道炎。臨床表現除了常規尿道炎都有的尿頻、尿急、尿痛症狀外，還會有兩個特異性的表現，一個是尿道外口的瘙癢感特別重，另一個是尿道外口有大量稀薄的黏液 。如果針對分泌物做病原體的鑑定，往往可以發現是支原體感染所造成，這種感染往往是性傳播疾病，所以患者通常有不潔的性接觸史。