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重症腦炎典型臨床表現一般可以分為四期，包括初期、極期、恢復期及後遺症期。重症腦炎患者恢復期一般為1-3個月，甚至6個月左右。絕大多數重症腦炎患者會留下一定後遺症，如果發病6個月後仍然有神經系統功能缺損，稱為後遺症期。常見後遺症包括語言障礙、意識障礙、 認知障礙、運動障礙、吞嚥障礙、視聽功能障礙、症狀性癲癇及精神行為異常等，此類症狀可能要伴隨患者終身。
一般自免性腦炎稱為自免腦，即自身免疫性腦炎，是由自身免疫機制介導的腦炎，一般是因為腫瘤感染，各種損傷或不明原因導致身體產生特殊的抗體而介導自身的免疫系統對腦組織發生免疫反應出現腦炎症狀。此類症狀與普通腦炎症狀類似，但也有不同，例如異常精神行為、癲癇發作、記憶障礙等更常見。
腦炎不能通過血化驗診斷，腦炎診斷依靠臨床表現、腦炎體徵、腦脊液檢查、頭顱影像學以及腦電圖檢查綜合考慮。腦脊液檢查最重要，如果臨床有腦炎表現，腦脊液檢查符合腦炎特異性改變可以診斷腦炎。血液化驗中包括血常規，即使各種炎症指標增高只能說明人體內有感染，感染病灶在人體內某處，但不能定位在大腦。
臨床腦炎恢復期一般是6個月，如果6個月以內無其它症狀或後遺症表現提示好轉痊癒。有時根據不同腦炎和不同病情存在個體差異，普通病毒性腦炎和細菌性腦膜炎如果急性期無併發症，無腦實質受損，臨床經驗提示穩定2-4周很少有病情反覆。此時複查 腦電圖和磁共振大多數都可以判斷是否痊癒。如果臨床無特殊不適則無需檢查，繼續觀察即可。
臨床以6個月為期限，如果6個月腦炎不能痊癒，需要考慮可能出現後遺症。腦炎後遺症是因為急性期腦損傷引起，因此經驗豐富的醫師即使在急性期對腦炎患者進行充分檢查以後，很快可以預判今後有無後遺症，例如繼發性癲癇通常是因為有腦細胞受損或腦軟化灶形成，智力 低下也是因為腦損傷嚴重，腦積水是因為腦膜炎較嚴重導致腦脊液循環梗阻和障礙等。
腦炎病灶可能在2周以內痊癒或終身不能痊癒，不能吸收。需要依據腦炎病灶具體含義判斷，病毒性腦炎常見腦細胞水腫，經過有效治療1周左右即可以出現水腫消退，病灶吸收可能存在腦細胞死亡出現腦軟化、膠質增生，類似腦瘢痕形成，可能終身存在病灶。
通常病毒性腦炎治癒的時間是14天左右，在14天急性期治療使病情較穩定後，後期可做高壓氧治療。對於危重病人，若細胞損傷較嚴重，常可進入昏迷期而成為植物人，甚至有生命危險。部分病人昏迷時間較久，急性期後植物人狀態可持續多年。