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兒童病毒性腦炎的主要治療方法是對症支持治療以及抗病毒治療。對於病毒性腦炎的患兒，通常情況下表現症狀較輕，僅出現發燒、頭疼、精神狀態較差、腦電圖異常等，且治療3-7天后症狀明顯緩解，無需通過較多的抗病毒藥物或營養支持藥物進行治療。 另外，兒童病毒性腦炎有自限性、自愈性，家長無需過度緊張，也無需進行過度治療。
病毒性腦炎是兒童期或學齡期較常見的中樞神經系統感染性疾病，通常由於普通的病毒感染所致，臨床表現為發燒、流鼻涕、咳嗽等症狀。另外，病毒性腦炎還可能由特殊病毒感染造成，比如麻疹病毒、水痘病毒、腮腺炎病毒。對於 年齡較大的患兒，則容易出現腮腺炎病毒引起的腦膜炎，甚至可以出現出疹的過程。
自身免疫性腦炎是指自身免疫反應介導的腦炎，由於機體免疫系統發生識別錯誤，產生針對神經系統組織的抗體，從而攻擊自身神經系統，產生一系列症狀。臨床最常見抗NMDA受體腦炎。核心症狀主要包括以下六點：
自身免疫性腦炎的治療方案是一線治療，一線治療經常可以選擇的糖皮質激素治療、血漿置換，以及靜注人免疫球蛋白治療，是最常用於自身性免疫性腦炎的治療。如果一線免疫治療效果不佳，患者可以考慮二線自身免疫性腦炎治療，二線治療可以選用藥物是利妥昔單抗和硫唑嘌呤。部分復發患者可能需要長程免疫治療，需要使用嗎替麥考酚酯或者硫唑嘌呤。
腦炎一般是由於人體受到某些病毒、細菌、結核、真菌、寄生蟲等感染所引起的腦部炎症反應，主要包括腦實質炎症以及腦膜炎症等，如隱球菌引起的隱球菌性腦炎或腦膜腦炎等。大部分腦炎不會傳染，如自身免疫性腦炎等，即體內產生某些由於感染或者其它原因產生的抗體，抗體識別錯誤，識別自身腦部組織所導致。
大腦炎後遺症有可能無法治好，只要是神經系統後遺症，代表疾病經過一段時間治療及康復後，再也不能恢復。任何後遺症都有一段時間的觀察期，比如有器質性腦損傷疾病，出現神經功能缺失性症狀，大概需要觀察1年。1年內能夠恢復好轉便可臨床診斷痊癒 ，若超過1年神經功能缺損性症狀無法恢復，則叫做後遺症，意味著會終身遺留，無法治好。