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急性播散性腦脊髓炎治療主要包括早期使用足量皮質激素，以減輕腦和脊髓的充血和水腫，保護血-腦屏障。部分患者在使用皮質激素治療後，症狀緩解，停藥以後並且有反覆，再次恢復用藥後又獲得改善。對皮質激素治療無效患者，可考慮應用免疫球蛋白或血漿置換。容易復發患者可給予免疫抑制劑治療，比如環磷酰胺等。
自身免疫性腦炎根據疾病輕重程度不同，患者死亡率各異，如NMDA腦炎死亡率和致殘率較高，如未盡早識別、診斷，未給予相應免疫治療患者預後相對較差，據估測死亡率大概在10%-20%，具體死亡率與醫院救治條件、診療手段、診療水平有關。
目前自身免疫性腦炎中最常見抗NMDA受體腦炎，這種免疫性腦炎臨床發病率最高，臨床較為常見，研究統計複發率可能達到12%-31%，平均復發週期為五個月左右。復發後免疫性腦炎症狀通常較前一次輕，但其它類型的自身免疫性腦炎的復發幾率目前無確切數據統計。
出現嘔吐、嗜睡的孩子先要明確原因，不能僅憑此症狀就診斷腦炎。腦炎是由於孩子感染不同的病原體，導致腦部實質性損害。腦炎患兒會出現頭痛、頭暈、噁心、嘔吐和嗜睡等表現，但是單純嘔吐和嗜睡不能診斷腦炎，先要看孩子有無腹瀉 、發熱、用藥等原因。