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肛瘻的複雜程度非常不同，如果是較小的肛瘻，比如裂瘻或者皮下瘻治療起來非常簡單，做完手術以後患者可能1周左右可以完全恢復，因此進行一次手術可以得到根治。但是複雜的肛瘻可能由於感染延展到非常深的位置，比如可以發生到直腸環以上，而直腸環是控制排便的大閘門，如果進展到直腸環以上，肛瘻手術非常困難。如果損傷直腸環，手術以後患者可能出現肛門失禁。如果對直腸環進行徹底的保護，可能對感染灶不能進行徹底的清除。另外由於瘻在皮下蔓延，也可能肛瘻的長度非常長，向下可以發展到大腿甚至於膕窩，向上可以發展到臀部甚至於後背，更遠有報道說發展到頸部、上肢，都是從肛門感染蔓延導致。所以肛瘻是否為大病也與治療是否及時有關。如果不及時治療，肛瘻可以從小病拖成非常嚴重的大病，甚至於嚴重至威脅生命，影響患者手術以後的生活質量。
低位單純肛瘻的複發率比較複雜。首先低位單純肛瘻治療方法現在非常多，手術方法包括切開引流、切開掛線、竇道切除、瘻管剔除、真皮填塞修補等，不同方法複發率也不同。最有效的治療方法是將竇道、瘻管切除，整個瘻管切除以後、感染原和感染灶全部清除以後傷口逐漸癒合，複發率非常低。而如果是採用其它所謂的微創、減少創面的方法，比如真皮填塞，現在還有肛瘻栓填塞，即將部分肛瘻竇道清理乾淨以後，將可以刺激肛門周圍的生長物填塞進去。上述情況相對屬於盲操作，即竇道不能完全打開，可能導致竇道探查並不是百分之百準確，複發率相對高一點，大部分統計在15%-20%之間。而完全竇道切除的複發率極低，可能在10%以下。
肛瘻能否治癒並不根據時間長短決定，而是取決於肛瘻深淺、侵及範圍。因為肛瘻有可能像樹枝一樣到處蔓延，蔓延到部分重要的肌肉，手術以後可能出現嚴重的功能不全，治療起來非常困難。
莫匹羅星軟膏可以用於肛裂合併肛周皮膚細菌感染的治療。肛裂是指肛管組織表面裂開形成了小潰瘍，長約0.5-1cm，常引起肛周劇痛，肛裂的發病率約佔肛腸病的20%，以年輕人為主，女性多見，尤其是年輕的女性，臨床上主要表現為疼痛、便血和便秘。引起肛裂常見的原因來自於 外力的衝擊或摩擦，如果便秘時糞便過硬，也會導致肛裂，由此可見，肛裂不是由微生物感染所致。
通常情況下，蒙脫石散不會引起肛裂。蒙脫石散是用於治療腹瀉的藥物，其安全性較好，不良反應比較輕微，僅有少數患者可能用藥後出現輕度便秘，即便是出現，也可以通過減量，繼續服用。大多數的肛裂形成為原發性，比如由於便秘、腹瀉、陰道分娩，或不良性行為等導致局部創傷引起。
在外用藥膏或者坐浴清洗肛門時，通常只要將肛門放鬆，隨後將肛門向兩側牽拉，即可看到肛裂的創面，將藥膏塗在肛裂的創面。較多患者的肛裂位於肛管的後正中部位，少部分患者可能位於前正中或者兩側部位。在坐浴時亦可將放鬆肛門，隨後將肛門向兩側掰開進行清洗。小部分患者需要將藥膏擠到直腸裡，可以起到潤滑大便的作用。