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小兒肛瘻原發灶多在肛內肛竇，多由肛竇內肛腺感染引起，肛瘻發作時以肛周腫痛流膿為主要症狀，如果出現流膿症狀時說明肛瘻正處於發作期，肛瘻流膿症狀通過保守治療或隨炎症消退慢慢出現流膿停止，屬於肛瘻靜止期，隨原發病灶肛竇再次感染會出現腫痛流膿症狀。
保守治療通常不能使肛瘻痊癒，肛瘻保守治療主要是進行藥物治療或局部持續引流治療。藥物治療可以在炎症期對炎症進行控制，局部引流可以幫助固定瘻管。但肛瘻需要手術才能徹底治癒，保守治療只能控制症狀，延緩病情進展。
肛瘻瘻管並非一定可觸及，若瘻管較大、較明顯，可通過觸診觸及。如果肛瘻外口較明顯，可循外口向肛瘻裡面逐步進行觸診，觸診過程中如果瘻管較淺則容易摸到。若患者瘻管路徑比較深，則不一定能摸到，需要藉助其它手段判斷。