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住院具體天數需要根據自身傷口複雜程度、患者具體情況決定，通常低位肛瘻需要住院7-10天。但如果肛瘻位置較複雜可能需要相應延長住院時間，所延長時間應根據患者具體情況住3-4周，甚至需要分期手術，第二次住院時間需要更長時間。肛瘻分為低位和高位，低位肛瘻對於 肛門括約功能傷害較小，術後恢復較快，如果患者體質好，住院7-10天可以出院。
肛瘻掛線是治療肛瘻的常用手術方式，一般技術上要求10-14天脫落，但具體脫落時間與所結紮組織多少，以及掛線使用的結紮力量強弱有關。如果組織比較少，結紮力量又比較大，可能5-6天會脫落，但是臨床上不希望見 到過早脫落。如果結紮力量過小、結紮組織過多，這時可能脫落時間會更長，可能在2周以上。在結紮2週中可能發現結紮線已經鬆脫，這時可能需要再次給予緊線，使結紮線能夠如期脫落。
肛瘻手術後的疼痛時間，與肛瘻的手術方式、本身的複雜程度、傷口局部感染程度等密切相關。由於肛瘻是慢性炎症性疾病，單純應用藥物較難將肛瘻治癒，多數需進行手術切除。具體恢復時間如下：
肛瘻屬於肛腸科的炎症性疾病，如果不及時治療，會引發其他病變。肛瘻主要由外口、瘻管、內口三部分組成。早期的肛瘻患者如果進行手術，屬於簡單的小手術，如果不正規治療，會引起較大麻煩，可能把單純性肛瘻變為複雜性肛瘻，臀部外口增多，表淺瘻管周圍出現硬包、硬塊，肛門功能可能下降。
肛瘻一經診斷必須通過手術治療，肛瘻不能自愈，肛瘻主要由肛周膿腫發展而來。肛周膿腫是肛腸科常見的肛周感染性疾病，膿腫通過切開引流或自行破潰之後一般會形成肛瘻。肛瘻一般由外口瘻管和內口組成，如果是輕微肛瘻，手術比較簡單，恢復比較快，住院時間短且費用低。
肛瘻手術不是僅處理壞死組織，手術需要清除部分陳舊的感染組織，清除可稱為刮除，不僅處理陳舊的炎性組織。肛瘻有2個口，即內口和外口，內口和外口之間是瘻管。肛瘻手術主要目的是找到內口後將瘻管打開，讓瘻管組織從底部向外生長，將瘻管完全封閉，此為肛瘻手術關鍵的步驟。
正常肉芽不用修剪，因為肉芽是正常組織。但如果肉芽高於創面、高於皮膚之上，此時必須修剪，如果不修剪，皮膚爬不上去。肛瘻治療原則是切開整個肛瘻，讓壞死組織脫落，管壁壞死組織都會變成膿液流出來。當壞死組織全部脫落以後，會從基底部長出正常肉芽，只要不長虛即可。但是，如果都填滿以後肉芽再長高，則需要修剪，因為只有修剪後，創口邊上的皮膚才能往上爬，如果不處理肉芽，皮膚永遠爬不上去。
肛瘻創口完全癒合之前都會流膿，實際上不是膿，而是創口正常的分泌物，並非炎性表現，可能部分患者分不清楚。從術後第一天一直到最後完全封口，都會有液體組織流出來，具體要流多長時間，取決於肛瘻術後生長的時間，具體如下：