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高位複雜性肛瘻是難治性疾病，屬於國際性難題，很多國外的治療方法是帶瘻生存。因為高位複雜性肛瘻特別容易遺漏瘻管、支管，故復發幾率非常高。只有一次性清理乾淨高位肛瘻中所有瘻管，才能保證治癒、不復發。因此，治療過程當中對於高位肛瘻的檢查特別重要，具體包括以下幾種：
肛瘻術半年之內，尤其是3個月之內瘢痕較硬、彈性差，有針扎式疼痛或攣縮式疼痛，此時建議用軟化瘢痕的藥膏儘早軟化，減少瘢痕引起的疼痛。肛瘻治療原則為敞開整個瘻管，幫助裡邊壞死組織脫落，分泌出膿液，最後填充肉芽組織，待皮膚爬上瘻管才能徹底治癒。最終會形成瘢痕，但是瘢痕大小取決於瘻管的情況，具體如下：
肛瘻術後傷口周圍有白色分泌物是正常的，分泌物有可能是白色、黃色、膿樣，都是正常的。因為肛瘻治療時，會把肛瘻管道徹底敞開，敞開後壞死組織不進行剔除，這些組織會液化壞死，變成液態膿、分泌物等，排 出體外，創口邊上會經常有白色分泌物，不需要時刻擦乾淨。在創口癒合過程中，在爬皮時肛門周圍也會發白，無需擔心，是正常情況。創口癒合後，創口爬上皮後都變成白色瘢痕，最後再轉換成膚色。
肛瘻不做手術的情況下容易復發，因為肛瘻核心原因是肛門肛腺感染，細菌或者糞便進入肛腺開口容易導致感染。如果不做手術，往往可能會反覆感染。但是人體本身存在修復能力，一段時間後能夠癒合。所以一年內不復發，這時可以認為是自 愈，但不能十分肯定。
肛瘻手術多久能恢復正常上班要具體問題具體分析，因為肛瘻非常複雜多變。簡單的肛瘻可能術後1-2周即可上班，但是複雜的肛瘻，尤其是特別複雜的肛瘻，手術後創面恢復的時間很長，可能1個月甚至2個月都不能上班，所以無法籠統地一概回答，要根據具體情況具體分析 。
肛瘻術後假性癒合，對於合併全身疾病，例如貧血、低蛋白血癥、糖尿病患者應積極治療，改善患者全身症狀，選用適宜抗生素，並且將已經閉合的皮膚切口重新切開，徹底沖洗無死腔，放置引流條，保證引流充分通暢。利用生長因子、玻璃酸等生物活性物質促進創口和組織癒合，還可運用激光、紅外線等物理治療，加速創口和組織癒合。換藥時需要將引流條放置創面基底部，引流通暢，術後規範換藥屬於不可或缺的部分。
肛瘻術後塞紗布時間需要20-30天，如果位置較深或傷口癒合較為緩慢，塞紗布時間可能延長。肛瘻術後需要注意按時換藥，主要目的為保持手術創面引流通暢。換藥重要步驟是塞紗布，紗布主要用於創面引流，通常會塗抹祛腐生肌藥物，這樣在引流同時還可以促進傷口愈 合。對於內口位置較深、瘻管較深患者紗布適當填塞較深，建議術後換藥，到專科醫院進行。紗布位置填塞不夠深，可能會使傷口假性癒合，從而增加患者負擔。部分患者填塞紗布後出現異樣感覺，可提前去除紗布。