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當發現胃腸道間質瘤的時候，會根據部位的不同，選擇不同的手術方式，腫瘤及相應的周圍的正常的組織一併切除。如果需要會做胃腸道的重建，所有腹部手術或者是胃腸道方面的手術，術後會有腹脹、麻痺性腸梗阻，嚴重的情況下就會出現噁心、嘔 吐。這種情況下出現的時候，會建議早期下床活動，促進胃腸道的功能，早期恢復。
胃腸道間質瘤的治療多采取以手術治療為主的綜合治療，其中手術治療為首選方法，然後根據胃腸道間質瘤的惡性程度來進行術後的輔助治療，常見的藥物治療中，伊馬替尼最常用，目前該藥已經國產化，在國外該藥又稱為格列衛。具體用藥請結合臨床，由醫生面診指導為準。
惡性腫瘤主要有兩種來源，一種來源於上皮組織，一種來源於間葉組織。胃腸道間質瘤為來源於間葉組織的一種腫瘤，有一定的惡性傾向。目前認為胃腸道間質瘤是一種惡性腫瘤，根據腫瘤的大小、和分裂象的不同，其惡性程度不同，分為極低危、低危、中危、高危的胃腸道間質瘤。胃腸道間質瘤可見於整個胃腸道，其中胃間質瘤較多見。
上皮組織來源的叫癌，上皮組織包括皮膚，還包括消化道黏膜，這些都是上皮組織，其發生惡變叫癌症。管道層是指黏膜下淋巴管、血管、神經、軟組織、肌肉，如果產生惡變為瘤。如間質瘤，間質瘤來源於管道層，和癌症的發病機理完全不一樣，所以治療 也不一樣。
胃腸道間質瘤CT表現有多種情況，具體如下：1、腫塊形態與大小：良性間質瘤腫塊較小，形態較為規則，呈圓形或類圓形。惡性間質瘤腫塊較大，形態不規則，一般存在分葉徵即提示惡性間質瘤；2、腫塊邊緣：無論良性間質瘤還是惡性間質瘤，邊緣均較清晰，即便為惡性間質瘤，對周圍浸潤也較為少見。但若腫瘤對周圍組織產生浸潤，則提示惡性程度較高；3、腫塊密度：良性間質瘤密度較為均勻，惡性間質瘤伴有出血、壞死和囊變，因此顯示密度不均；4、其他：臨床上進行增強CT強化檢查時良性間質瘤動脈期明顯強化，靜脈期強化未衰減。惡性間質瘤動脈期和靜脈期均存在明顯強化，但強化程度不均，因為腫塊內部有出血、壞死，囊變部分不強化，而周圍腫瘤部分明顯強化。胃腸道間質瘤屬於消化道間葉源性腫瘤，包括良性間質瘤、惡性間質瘤及臨界性間質瘤。
膝關節腔及髕上囊積液多見於滑膜炎，在治療方面要根據滑膜炎誘因或病因進行相對治療。對普通一過性滑膜炎，以休息為主，可抬高患肢，但是通常不建議冷敷，也不建議熱敷，就是觀察。如果是感染性關節炎，熱敷會促進局部症狀 加重，甚至感染病灶擴散。對寒冷比較敏感的患者，如果冷敷會加重症狀，引起不適感。
胃腸道間質瘤多發源於中胚層，為來源於間質細胞的間葉細胞瘤，臨床通常無嚴格良惡性之分，因為良性腫瘤也有潛在低度惡性。目前胃腸道間質瘤病因尚未明確，但進食油炸食品、醃製食品、熏製食品、發黴食品等，可能會誘發或加重胃腸道間質瘤惡變。