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腦炎和腦膜炎的表現不同。腦炎指各種特異性及非特異性炎症，比如病毒、結核菌、細菌等引起的腦實質損害。一般患者會在頭痛、發熱、噁心、嘔吐等基礎上伴有神經功能損害，比如感覺、運動、認知功能障礙以及言語障礙、精神行為異常等表現。因為其是腦實質的損害，往往都會出現不可逆的情況。腦膜炎的表現較腦炎輕，其表現往往會侷限為頭痛、發熱、噁心、嘔吐。但是特殊感染，如隱球菌性腦膜炎會引起腦脊液壓力極度升高，在緊急情況下，異常增高的腦脊液壓力會導致腦疝，出現呼吸、心跳驟停等生命危險情況。總之，腦膜炎炎症會侷限在腦膜，往往及時就診和治療之後不會存在很多或者明顯的神經系統缺損等後遺症。
小時候得過腦膜炎一般對將來成人以後不會有影響，因為腦膜炎是一種中樞神經系統感染性疾病，目前有非常有效的抗病毒、抗細菌藥物，只要得到及時綜合治療，對成人智力、肢體運動功能以及正常工作生活，不會有任何影響。
腦膜炎有很多種類型，包括病毒性腦膜炎、細菌性腦膜炎、真菌性腦膜炎等。病毒性腦膜炎有治癒傾向，大部分病毒性腦膜炎通過積極的抗病毒感染治療可以得到治癒，很少有後遺症。細菌性腦膜炎和真菌性腦膜炎，感染的症狀會非常重，如果不能夠得到及時有效的治療常會有後遺症，比如偏癱、失語、 智力下降甚至昏迷。對腦膜炎要首先明確診斷，是病毒性腦膜炎、細菌性腦膜炎，還是真菌性腦膜炎，明確診斷以後根據不同的病原體給予正確治療。細菌性腦膜炎要給予敏感的抗生素應用，因為有血腦屏障的存在，選擇抗生素的時候要儘量選用能夠透過血腦屏障的抗生素或鞘內給藥，使得腦脊液血藥濃度明顯升高，有利於感染的控制。真菌性腦膜炎，比如隱球菌腦膜炎，症狀也會非常重，給予積極的抗真菌治療，通過正規的治療能夠及早的控制住感染，才能夠避免後遺症的發生。
腦膜炎潛伏期可長可短，根據腦膜炎病原微生物類型、病原微生物毒力不同。通常病毒感染引起病毒性腦膜炎潛伏期在2周以內，而有些其它細菌性腦膜炎，比如結核桿菌，引起潛伏期通常略長，2周、2個月，甚至半年都有可能。還有一類病原微生物，比如單純皰疹病毒，可長期潛伏在人體神經節中，平時沒有症狀，一旦患者抵抗力降低或病毒大量繁殖，重新從潛伏狀態恢復到生產狀態，臨床會出現腦膜炎臨床症狀，所以潛伏期可長可短，甚至終身潛伏。